根据企业和项目的不同特点，开发基金分别以贷款贴息、有偿使用和无偿资助的方式给予支持：
（1）贷款贴息：主要用于科技含量高、市场前景好、有一定规模和效益，且银行贷款已到位的项目。一般按项目实施单位申请项目贷款利息的50%-100%确定贴息额度，并根据项目实施单位提供的有效借款合同及项目执行期内的有效付息单据核拨贴息，贴息期为一年。
（2）有偿使用：主要用于符合国家产业政策、有较高创新水平和潜在经济效益及社会效益，并有望形成新兴产业的项目，可采取基金有偿使用方式，借款期限一般为一年，特殊情况不得超过两年，并按低于银行同期贷款利率收取基金占用费。基金占用费率为2.4%。
（3）无偿资助：主要用于企业新产品研究开发和科技成果转化后经济效益突出，投资贡献率大，实现和上缴税收超过同行业平均水平的项目，经审查确认后，采取“以奖代补”的方式享受无偿资助。