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自主化依托工程建设资金筹措以国内为主，原则上不使用国外商业贷款及出口信贷。国家根据可能，对自主化依托项目建设所需资金，从预算内资金(国债资金)中给予适当支持。支持符合条件的核电企业采用发行企业债券、股票上市等多种方式筹集建设资金。此外，核燃料配套资金需求量较大，包括天然铀资源勘探与储备、乏燃料后处理等。资金筹措原则上按企业自筹资本金，银行提供商业贷款方式运作。
为了促进核电产业的快速健康发展，除了加大国有资本的投入和给予优惠政策外，国家还将逐步而适当地采取四项灵活措施：
首先，借当前信贷资金比较宽松、银行利率相对较低的时机，加大贷款力度。应积极吸收各部门、各地区和国外资金，促进资金投入的多元化和核电企业产权的股份化。
其次，充分运用上市、发行金融债、企业债和可转换公司债、短期融资券、信托产品、远期电费收款权抵押等多种形式，募集建设资金，加速核电的发展。
第三，鼓励港商参加国内其他地区核电站项目的建设。
第四，在条件允许的情况下，核电项目向民营资本及外资开放，以吸引更广泛的社会资金投入。
而对投资方而言，核电站项目将带来丰厚的回报。以秦山二期两台分别于２００２年和２００４年投入商用的６５万 KW 机组为例，整个项目投资 148 亿元，六个股东总共投入资本金 RMB24 个亿元，预计项目计算期内（25 年）将给股东回报 RMB200 亿元，给国家交纳税收 RMB200 亿元，并归还本息 RMB200 亿元，具有很好的经济效益。
